이 책은 세 부분으로 나뉜다. 처음 몇 장은 클린 코드를 작성하는 원칙, 패턴, 실천을 설명한다. 둘째 부분은 사례 연구를 몇 가지 소개하는데, 점점 더 복잡해진다. 각 사례 연구는 코드를 깨끗하게 고치는, 즉 문제가 있는 코드를 좀 더 튼튼하고 효율적인 코드로 바꾸는 연습이다. 셋째 부분은 결말이다 사례 연구를 만들면서 수집한 휴리스틱과 ‘냄새’를 마지막 장에서 열거한다. 그 결과로 코드를 읽고, 짜고 정리하는 과정에서 우리가 생각하는 방식을 묘사한 지식 기반을 얻는다.